Museen in Vilnius umfassen u.a. das Litauische Nationalmuseum das einen hervorragenden Einblick in die Geschichte Litauens von der Steinzeit bis 1940 bietet. Das eher bedrückenden KGB-Museum ist im früheren KGB-Gebäude untergebracht. Hier kann man die originalen Gefängniszellen und Hinrichtungsräume, in denen tausende Litauer gefangen gehalten und verhört wurden, bevor sie umgebracht oder nach Sibirien geschickt wurden, besichtigen. Auf die steinerne Außenwände des Museums sind die Namen derer, die in diesem Gebäude ums Leben kamen, eingraviert.
Das MO Museum zeigt litauische Kunst seit 1960, die während des Kalten Krieges entstand und zu der während dieser Zeit die Weltöffentlichkeit keinen Zugang hatte.